《钢铁飞龙2》讲述的是曾经被奥特曼打败或驱逐出地球的外星人，再度入侵。有翅膀硬了回来找奥特曼寻仇的，有越狱报复地球的，还有来刷存在感的。而这些外星人都具备各式各样的能力，地球再度陷入危机。关键时刻，钢铁飞龙小战队挺身而出，与正在归来的奥特曼一起，为保护地球安危而战斗。
男主林缺醒来，发现自己身处于一个垃圾桶里，“这是发生什么事了？”起身一看，一个大叔正在角落里尽情挥洒着青春，好奇的林缺走上前去想要问个究竟，谁料大叔突然扭头！“这个大叔不是人！！”张着大嘴的大叔想要袭击林缺；正当林缺极度惊吓摊坐在地准备领便当的时候，一把剪刀阻挡了怪物，劫后余生惊魂未定的林缺突然扭头！发现一个漂亮姐姐站在他的身后，红色瞳孔映出了林缺惊魂未定的面庞，“我叫红叶，这是一个异能的世界，想要生存下去，就必须学会适应！”
末日极限进化！
随着武魂融合技的锋芒消散，切磋赛最终以唐舞麟所带领的一年级组获胜而告一段落。片刻宁静后，一年级生们的期末考试也如期而至。学院提出的种种难题令众人捉襟见肘，唐舞麟等人也不例外。他们使出了各自的看家本领，为通过考试，跌跌撞撞的踏上了明都之行……
稳中求进，缔造美好山寨。
公元2200年，碳基星球再次爆发“碳灾”，“碳魔”卷土重来，使得星球生灵涂炭。为了拯救家园，核精灵队长秦羽鹭与何小光重组核精灵战队，最终，他们将“碳魔”重新净化。碳基星球恢复往日安宁，何小光和秦羽鹭也继续他们的环保事业。
